excel学习库-Limma快速差异分析工具那些你搞不明白的问题

1、 limma差异分析生成的火山图如何添加图注？

答：

目前暂不支持，您可以使用AI、PDF编辑器等工具后期修改图注。

2、用Limma工具做差异分析时上传的表达谱，可以是FPKM或counts格式吗？工具介绍里说是基于芯片数据和TPM，芯片数据是什么格式呢？目前手里的表达谱只有FPKM和couts格式，能否用来做差异分析？

答：

FKPM、TPM、RPKM等均为丰度单位，TPM的分布接近芯片数据，都可以直接使用Limma工具进行分析；counts数据则需要使用counts差异分析工具。

3、Limma中XPN、COMBAT、BMC几种方法有什么不一样？

答：

在结果中有描述，具体统计学和方法学差异可以查阅参考文献资料。

4、Limma快速分析工具如何进行样本分组？

答：

您可以在整理好分组数据后，左侧列表中上传（自定义）。

5、Limma工具可以输入芯片表达矩阵数据吗？

答：

输入的需要是整理后的表达谱数据。

6、

（1）Limma差异分析得出的差异基因和热图结果不太一样，差异基因里排名靠前的，热图上没有，而热图上排名靠前的，差异倍数是比较靠后的，请问这是怎么回事？

（2）设置“最多显示50个”的功能是显著性最高还是随机50个？

答：

图片中显示的是满足P值和差异倍数条件的、上调及下调的各随机50个基因。

7、差异表达基因，导出来是mtx文件。如何查看？

答：

所有非常见格式文件，一般都建议用excel表格打开。

8、请问可以查看一下基因表达差异分析的原始代码吗？

答：

完成后的任务列表中可以下载分析代码（需要高级会员权限），没有下载权限的用户可以直接引用sangerbox。

9、在Limma快速差异分析中，载入表达谱文件后，实验设计有以下问题：1、无法选择；2、没有选项可选

答：

1、实验设计不要点击三角图标，点击前面的组名即可；

2、看一下是否有样本名匹配问题（字符/空格等）。

10、Limma快速差异分析，选择表达谱文件后显示第一列存在分数字，第一列不是基因名吗？请问需要如何修改

答：

建议检查一下原始文件中是否存在特殊字符。

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